Afin de permettre aux marins de se préparer au mieux à la traversée de l'Atlantique, l'ogranisation a mis en place un système de qualification stricte pour pouvoir obtenir son inscription à la Mini Transat.
La première condition est d'avoir effectué un parcours de 1000 milles hors course entre l'Ile de Ré et l'Irlande. Ce parcours permet au marin de s'accoutumer à la solitude en mer et de gagner en experience au large. Chacun est libre de choisir la date à laquelle il souhaite s'élancer sur ce parcours.
La seconde condition est d'avoir parcouru 1500 milles en course. Pour cela, un Championnat de France de Course au Large est organisé chaque année. Il est constitué de plusieurs courses plus ou moins longues, en double ou en solitaire, qui permettent au marin d'accumuler de l'experience au large, en course.
Il en découle donc un programme très riche, réparti sur trois années de préparation.